Amigdala merupakan bagian dari otak yang memiliki peran penting dalam emosi, terutama emosi rasa takut. Amigdala berfungsi mengevaluasi informasi sensorik yang diterima, dan kemudian dengan cepat menentukan kepentingan emosionalnya, dan membuat keputusan untuk mendekati atau menjauhi suatu objek atau situasi.
Amigdala bekerja dengan sangat cepat dalam mengevaluasi suatu bahaya atau ancaman, dan menentukan hal yang dianggap terbaik. Hasil informasi yang diolah dalam amigdala kemudian di ambil alih atau diteruskan oleh hasil analisis yang lebih akurat yang dihasilkan oleh cortex cerebri. Hal ini menjelaskan mengapa kita dapat sedemikian terkejutnya saat ada tangan yang menepuk pinggang kita, ketika kita sedang berjalan was-was disebuah jalan yang gelap. Rasa takut itu menghilang setelah cortex mengenali bahwa tangan yang menepuk punggung kita tersebut adalah tangan salah satu teman yang berniat usil.
Kerusakan pada amigdala atau area-area kritis pada neokorteks dapat menyebabkan abnormalitas pada kemampuan memproses rasa takut. Seekor tikus yang mengalami kerusakan pada amigdala “lupa” untuk merasa takut saat ia seharusnya menjadi takut, dan sepertinya tikus tidak mampu memiliki rasa takut, walaupun dikondisikan.
Orang-orang yang mengalami kerusakan pada amigdala mengalami kesulitan untuk mengenali rasa takut pada orang lain. Seorang wanita yang mengalami kerusakan amigdala dapat mengekspresikan dengan akurat rasa takut dan emosi-emosi lainnya, namun ia tidak dapat mengenali ekspresi rasa takut yang ditunjukkan oleh orang lain.